Las autoridades identificaron como principales sospechosos del asesinato a Fernanda Bonilla y José Marroquín.

1. El juez José Maximino Morales González ligó a proceso penal a Bonilla y Marroquín por el delito de asesinato. Sin embargo, el 8 de diciembre de 2021, el mismo juez excluyó del expediente judicial pruebas clave contra los sindicados y modificó la tipificación del delito. A Bonilla le imputó homicidio en estado de emoción violenta, y a Marroquín, encubrimiento propio. Morales decidió, el 22 de enero de 2022, apartarse del caso, al argumentar que su honorabilidad había sido dañada por los pronunciamientos de la familia de la víctima y su difusión en los medios.
2. El 31 de enero de 2022, la jueza Sandra Patricia Mejía Esquivel asumió el proceso; sin embargo, se excusó de continuar, debido a que tanto la familia de la víctima como la defensa de los acusados dudaban de su imparcialidad. Desde ese momento, el proceso contra Bonilla y Marroquín comenzó a retrasarse.
3. En 2024, el Ministerio Público solicitó trasladar el caso a un juzgado de mayor riesgo en la capital, al argumentar intimidaciones y falta de imparcialidad. Sin embargo, el 14 de enero de 2025, la Cámara Penal de la Corte Suprema de Justicia rechazó la solicitud. Mientras tanto, la defensa de los acusados pidió la aceptación de cargos para cerrar el proceso y recibir una reducción de pena.
4. El Ministerio Público confirmó la existencia de un audio grabado minutos antes del crimen. El audio fue extraído de un video filtrado en redes sociales, y el ente investigador verificó que corresponde al caso. Por su parte, el Instituto de la Víctima anunció que solicitará revertir la decisión y restablecer la acusación por asesinato. La entidad argumenta que los mensajes intercambiados entre los acusados antes del crimen constituyen pruebas suficientes para justificar esta modificación y asegurar una sentencia acorde con la gravedad del caso.
5. Fuentes allegadas al proceso confirmaron la veracidad de las conversaciones en un chat de WhatsApp entre Fernanda Bonilla y José Luis Marroquín Ovalle, a quien ella identifica como Luis “seguridad” y que también está señalado en la investigación. Además, indicaron que Bonilla “borró todo de su teléfono y no se pudo recuperar”; sin embargo, finalmente se logró recuperar parte del chat. Cabe recordar que, en diciembre de 2021, el juez José Maximino Morales González excluyó del expediente judicial pruebas clave, entre ellas los chats entre Bonilla y Marroquín.